Instaseq

Effectuez une recherche sur le Web à l'aide d'une séquence d'ADN, d'ARN OU de protéines

Vous êtes-vous déjà demandé si vous entriez un nucléotide OU une séquence peptidique dans un moteur de recherche et si vous obtiendriez des résultats ? Vous savez probablement déjà que les chances d'obtenir des informations utiles sur ce à quoi appartient cette séquence sont proches de zéro.

Le fait est que vous savez si Internet a des liens vers ce morceau de séquence. Une approche consiste à utiliser un programme d'alignement de séquences, une approche déjà familière aux chercheurs biomédicaux. C'est une approche excellente et parfaite sauf qu'elle se limite à une base de données particulière qui stocke les séquences (aussi exhaustive soit-elle). De plus, il existe de nombreuses pages sur le Web qui récupèrent des informations contenant ces séquences. Par exemple, les enregistrements de brevets disponibles publiquement dans le domaine Internet contiennent des enregistrements de séquences, qui peuvent ajouter une nouvelle couche d'informations à la recherche. Il en va de même pour les documents publics tels que les fichiers pdf, etc. provenant de thèses de chercheurs.

Instaseq est une recherche rapide sur le Web pour localiser tout autre document contenant les séquences d'entrée. La version actuelle est une mise en œuvre de l'article original conçu et développé par le Dr Natarajan Ganesan - https://www.nature.com/articles/npre.2008.2492.1

La nouvelle version vise à développer la séquence d'entrée et à rechercher des séquences de nucléotides traduites et des représentations d'acides aminés à trois lettres de séquences peptidiques.

Le succès de la récupération des recherches à partir du code d'entrée est considérablement amélioré à l'aide de l'application Instaseq. L'entrée directe d'une séquence nucléotidique ou peptidique dans un moteur de recherche est très susceptible de ne renvoyer aucun résultat. Instaseq traite la requête en chaînes courtes d'une manière particulière et les soumet au moteur de recherche Google. L'application renvoie ensuite des liens à partir de pages accessibles au public sur Internet.

Allez-y et copiez-collez quelques courts extraits d'une séquence d'ADN, d'ARN ou de protéines à partir d'un fichier FASTA d'origine connue et vérifiez si vous pouvez récupérer des informations sur le Web.